مقدمه‌ای بر آگارز
آگارز یک پلی ساکارید است که به طور کلی از برخی جلبک های دریایی قرمز استخراج می شود. این ماده یک پلیمر خطی است که از واحد تکرار شونده آگاروبیوز تشکیل شده است که یک ساکارید ساخته شده از D- گالاکتوز و 3,6-anhydro-L-galactopyranose است. آگاروز یکی از دو جز اصلی آگار است و با از بین بردن مولفه دیگر آگار، یعنی آگاروپکتین، از آگار تخلیص می شود.
آگارز به طور مكرر در زیست شناسی مولكولی برای جداسازی مولكول های بزرگ، به ویژه DNA، توسط الكتروفورز استفاده می شود. صفحات ژل آگارز (معمولاً ۷/۰ – ۲٪) برای الکتروفورز در قالب به آماده می شوند. طیف گسترده ای از آگاروزهای مختلف با وزن و خصوصیات مولکولی متنوع برای این منظور در دسترس تجاری است. آگارز همچنین ممکن است به صورت دانه هایی در تعدادی از روش های کروماتوگرافی برای تصفیه پروتئین استفاده شود.
ساختار
آگاروز یک پلیمر خطی با وزن مولکولی حدود 120،000 است، این ماده متشکل از واحد های متناوب D- گالاکتوز و 3,6-anhydro-L-galactopyranose است. برخی از واحدهای D- گالاکتوز و L – گالاکتوز می توانند متیله شوند و پیروات و سولفات نیز در مقادیر کم یافت می شوند.
هر زنجیره آگاروز حاوی ~ ۸۰۰ مولکول گالاکتوز است و زنجیره های پلیمری آگاروز الیاف مارپیچی را تشکیل می دهند که در یک ساختار فوق پیچیده با شعاع ۲۰-۳۰ نانومتر جمع می شوند.
این الیاف نیمه سخت هستند و بسته به غلظت آگاروز طیف وسیعی از طول دارند. هنگامی که این ماده بسته می شود، الیاف آن یک شبکه سه بعدی از کانال ها را تشکیل می دهند که بسته به غلظت آگارز مورد استفاده از ۵۰ نانومتر تا >۲۰۰ نانومتر متغیر است – غلظت های بالاتر باعث کاهش قطر متوسط منافذ می شوند. ساختار ۳بعدی همراه با پیوندهای هیدروژنی نگه داشته می شود و بنابراین می تواند با گرم شدن مجدد به حالت مایع برگردد.
کاربرد
آگارز یک ماتریس ترجیحی برای کار با پروتئین ها و اسیدهای نوکلئیک است زیرا دارای طیف گسترده ای از حالات فیزیکی، شیمیایی و حرارتی است. از آگارز معمولاً به عنوان واسطه ای برای جداسازی الکتروفورتیک در مقیاس تحلیلی در الکتروفورز ژل آگارز استفاده می شود.
ژل های ساخته شده از آگارز خالص دارای اندازه منافذ نسبتاً زیادی هستند، و آنها را برای جداسازی مولکول های بزرگ، مانند پروتئین ها مفید می سازد. همچنین از آگارز به طور گسترده ای برای کارهای دیگری استفاده می شود، به عنوان مثال انتشار ایمنی و ایمونوالکتروفورز، زیرا الیاف آگارز به عنوان لنگری برای سیستم های ایمنی عمل می کنند.
جهت آشنایی با سایر مواد شیمیایی مورد نیاز در آزمایشگاهها اینجا کلیلک کنید
